Совершенно нормально испытывать боль в мышцах после марафона. Эта боль обычно объясняется микроразрывами в мышцах. В результате у бегуна на время вырабатывается специфическая походка, легко опознаваемая другими бегунами. Мышечные боли обычно проходят в течение нескольких дней, но для неподготовленых бегунов полное восстановление состояния мышц может занимать до трех недель.На время подавляется и иммунная система. Медицинские исследования указывают на то, что увеличение потребления витамина C в диете после пробега приводит к уменьшению синуситов и иных инфекционных заболеваний носоглотки, довольно распространенных, особенно среди сверхмарафонцев. Изменения в биохимии крови сразу после пробега настолько велики, что могут повлечь ошибочный диагноз нарушения сердечной деятельности.
Из-за стресса, испытываемого организмом, во время марафона могут отказать почки, что ведет к накоплению токсинов в крови. Это особенно опасно при употреблении таких обезболивающих лекарств как ибупрофен (Адвил, Мотрин) или ацетаминофен (Тайленол). Если бегун не испытывает позывов к мочеиспусканию в течение 4-6 часов после марафона, несмотря на потребление достаточного количества воды, необходимо обращаться к врачу.

Относительно распространенным является то, что бегуны замечают свои трамвы ступней и коленей, только после окончания дистанции. Мозоли на ступнях и пальцах ног зачастую начинают болеть только после окончания дистанции. У некоторых бегунов после марафона чернеют и даже отваливаются ногти на ногах. Это не должно беспокоить, потому что сошедшие ногти постепенно отрастают снова.

Большинство спортивных врачей рекомендуют легкие спортивные упражнения в течение недели после окончания марафона для скорейшего восстановления мышц. Размер и вид физической нагрузки на этом этапе зависит как от бегуна, так и от его физического состояния после пробега. Некоторые бегуны дают хорошие отзывы о массаже, полученном в интервале 24-48 часов после окончания марафона. Массаж, полученный сразу после бега, по отзывам марафонцев, существенно менее эффективен. Подготовленные спортсмены совершают первую легкую пробежку, направленную на восстановление функций организма, на следующий день после старта или даже вечером того же дня.