января 1930 года Гражданским секретариатом Судана, объединяющего губернаторов Верхнего Нила, Бахр-эль-Газаль и Монгалла, в которой сказано: «Политика правительства в Южном Судане направлена на создание серии автономных расовых или племенных единиц с такой структурой и организацией, базирующейся в том объёме, требующемся для справедливого управления и хорошего выполнения государственных задач, на коренные обычаи, традиционного верования и убеждения».
В 1930 году столица провинции Экватория (Южный Судан) была переведена из города Монгалла в город Джуба, находящийся выше по течению на юг. Губернатором провинции Монгалла с 1930 до 1936 года был Леонард Филдинг Налдер, бывший губернатор провинции Фанг с 1927 по 1930. В 1935 году Налдер сообщил после исследования своей провинции, что существует проблема отсутствия общеплеменной сплоченности. Генерал-губернатор сэр Стюарт Саймс в Хартуме были мало заинтересован в развитии на юге Судана, которое он озвучивал на словах без предоставления необходимого финансирования. Он также имел слабое представление о проблемах юга. Он посоветовал местным чиновникам, что местными начальниками долны быть имеющие большую территорию, неучитывая этническую составляющую. В 1936 году провинции Монгалла и Бахр-эль-Газаль были включены в провинцию Экватория, со столицей в Джуба, вместе с частью провинции Верхний Нил.

Ранние планы экономического развития
Районные комиссары планировали развить хлопководство в районе Монгалла в 1930-х, но ничего так и не было сделано. «Южные шкалы», которые определил ставки оплаты труда для должностных лиц и работников в южных провинциях Судана, были крайне низкими, что делало невозможным для администраторов предпринимать какие-либо шаги развития, такие как открытие школы, больницы или экономического проекта. Использование денег было минимальным, и даже в 1945 году налоги по-прежнему взимались в натуральном выражении.
В 1937 году Дж. Майерсу было поручено провести ботанический обзор провинции Монгалла, расширенный и на всю провинцию Экватория. В отличие от пессимистический взгляд на юг администрации Хартума, он был в восторге от богатства и разнообразия растений. Он отметил, что люди приспособились к культивирования неместных растений, таких как маниока, кукуруза, сладкий картофель и арахис. Он также отметил, что правительство ограничивает коммерческое развитие разведения сахарного тростника, табака и кофе, которые произрастают тут в диком виде, и тем самым препятствуя экономическому развитию региона. В 1938 году губернатор Саймс совершил турне по Экватории и уехал с «усиленным презрением». Он последовательно отвергает схемы развития.

Сахарный тростник хорошо растёт в Южном Судане, и в «зеленой зоне» не нуждается в ирригации. Опытный сахарный завод был создан в Монгалла в 1950-х годах, и были планы по созданию завода промышленных масштабов. Тем не менее, после обретения независимости в 1956 году правительство Судана перенесло сахарный проект на север, где тростник выращивается в гораздо менее благоприятных условиях с большими ирригационными затратами. После Первой суданской гражданской войны, закончившейся в 1972 году, были планы возродить производство сахара в Монгалла, но это не вышло за рамки разработок как гражданская война вспыхнула вновь в 1983 году.
Так же в Монгалла планировалась постройка бумажной фабрики, для чего были посажены эвкалиптовые плантации на площади в 70,000 феддан (294 км²). Для использования в агропромышленном комплексе Монгалла было поставлено оборудование из Дании в период между 1975 и 1976 годами. Оно включало электростанции и насосные станции для скотобоен, птицефабрик, рыбзаводов и деревообрабатывающих предприятий. Оборудование прибыло, но не было установлено, и в конечном итоге проржавело и пришло в негодность. Проект по созданию ткацкой фабрики в Монгалла также не смогло пройти испытательния.

Гражданская война
Судан стал независимым в 1956 году, после начала Первой суданской гражданской войны (1955—1972). После Аддис-Абебского соглашения (1972) Джиенгу Бор и мурле (англ.)русск. жили в относительном мире, совместно используя пастбища, особенно Гок Бор. В середине 1981 эта гармония нарушилась, когда бандиты мурле напали на скот Джиенгу Бор сразу в нескольких местах по всей провинции Монгалла. Комиссаром Монгалла была вызвана полиция, виновным был назван Бор Динка. Народная армия освобождения Судана воспользовалась этой ситуацией, чтобы получить рекрутов из динка. Мир не выдержал и гражданская война возобновилась в 1983 году.
В начале 1985 года Южные Оси НАОС майора Арок Сон Арок (англ.)русск. воюют с правительственными войсками в южной части Верхнего Нила, Восточной Экватории и Центральной Экватории. Южные оси без труда захватили города Овини-ки-Буль и Монгалла, переправились через Нил, захватили Терекека и осадил город Джуба. Позже в 1985 году силы Народной армии освобождения Судана (SPLA) получил отпор в селе Гут-Макур возле Монгалла, когда они столкнулись с хорошо вооруженными мандари. Хотя они были готовы драться с армией Судана, эти племена не были готовы это делать под руководством динка.

В марте 1989 года Джок Ренг из основного движения НОАС отбил Монгалла относительно небольшими силами. Во второй половине 1989 года НОАС консолидируются в таких городах, как Монгалла, которые окружают город Джуба. В конце 1991 года Монгалла был ареной столкновений между двумя рукавами НОАС.Риек Мачар из НОАС Насир наступал на юг в сторону города Торит, в то время как сновное течение НОАС в лице командира Экватории Куоля Маньянга Джуука настаивало на выдвижение сил Риека обратно в Нуэрланд. Из-за разобщенности среди южан, в период между 1991 и 1994 НИР смог вернуть себе контроль в многих местах в Южном Судане, в том числе Монгалла, а также Айод, Леер, Акобо, Почалла, Пибор, Ваат, Насир, Кит, Палотака, Йирол, Бор, Торит, Капоэта, Парйок и Магви. Правительственные войска из Бор взяли Монгалла в июне 1992 года, а затем повернули на восток в сторону Торита.

Монгалла сегодня
Вторая гражданская война в Судане закончилась в январе 2005 года. К этому времени городу был нанесен значительный физический урон от безнадзорности и повреждений, а также произошла большая потеря населения. В апреле 2006 года президент Южного Судана, Салва Киир, назвал Монгалла в числе других портов Нила, которые должны быть восстановлены в первую очередь. Он предупредил, что это потребует гораздо больших расходов, чем имеется средств, поэтому работы должна была быть приоритетными. Очистка Монгалла от мин было завершено в июле 2009 года. Монгалла является важным центром для измерения течения Нила, измерения проводились регулярно с 1905 до 1983 года. В течение большей части Второй суданской гражданской войны (1983—2005) измерения не проводились, возобновление мониторинга произошло в 2004 году.